Fachgruppenleiter

Dr.-Ing. Steffen Klamt
Dr.-Ing. Steffen Klamt
Telefon: +49 391 6110 480
Fax: +49 391 6110 509
Raum: S2.10

Assistenz

Susanne Hintsch
Telefon:+49 391 6110-477

Neuigkeiten / Letzte Publikationen

19.06.2019: Trauer um Ernst Dieter Gilles
Wir trauern um Prof. Dr. Ernst Dieter Gilles, dem Gründungsdirektor unseres MPIs und früheren Leiter der Abteilung der Systembiologie. Link zur Webseite

05.06.2019: Neue Publikation
Thiele S, Heise S, Hessenkemper W, Bongartz H, Fensky M, Schaper F, Klamt S (2019) Designing Optimal Experiments to Discriminate Interaction Graph Models. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 16: 925-935.

05.06.2019: Neue Publikation
Weinrich S, Koch S, Bonk F, Popp D, Benndorf D, Klamt S, Centler F (2019) Augmenting Biogas Process Modeling by Resolving Intracellular Metabolic Activity. Frontiers in Microbiology 10:1095.

03.04.2019: Neue Publikation
Klamt S, von Kamp A, Harder B-J (2019) Computergestütztes Design mikrobieller Zellfabriken. BIOspektrum 25:156-158.

19.02.2019: CellNetAnalyzer Version 2019.1 veröffentlicht!
Neben vielen neuen Funktionalitäten gibt es auch eine neue (open-source) Lizenz für CNA. Siehe

Forschung

Wir entwickeln verschiedene mathematische Ansätze zur Analyse zellulärer Netzwerke. Ein Schwerpunkt sind theoretische und algorithmische Methoden für die Modellierung und zielgerichtete Modifikation von Stoffwechselnetzen.

Theoretische Methoden zur Modellierung und zum Design metabolischer Netzwerke

Wir entwickeln verschiedene mathematische Ansätze zur Analyse zellulärer Netzwerke. Ein Schwerpunkt sind theoretische und algorithmische Methoden für die Modellierung und zielgerichtete Modifikation von Stoffwechselnetzen.


Wir kombinieren gentechnische und computergestützte Methoden um neue Strategien für das Metabolic Engineering von mikrobiellen Zellfabriken zur biobasierten Synthese von Chemikalien zu etablieren. Der Fokus liegt dabei auf  E. coli  und anderen Modellorganismen wie die Bäckerhefe.

Anwendungen des computergestützten Metabolic Engineering

Wir kombinieren gentechnische und computergestützte Methoden um neue Strategien für das Metabolic Engineering von mikrobiellen Zellfabriken zur biobasierten Synthese von Chemikalien zu etablieren. Der Fokus liegt dabei auf E. coli und anderen Modellorganismen wie die Bäckerhefe.


Wir nutzen systembiologische Methoden und vielfältige experimentelle und analytische Techniken um metabolische und regulatorische Prozesse in  E. coli aufzuklären, welche häufig auch für biotechnologische Anwendungen von hoher Relevanz sind (z.B. Adaptation an sich ändernde Nährstoff- und Sauerstoff-konzentrationen).

Experimentelle Systembiologie
(Team Bettenbrock)

Wir nutzen systembiologische Methoden und vielfältige experimentelle und analytische Techniken um metabolische und regulatorische Prozesse in E. coli aufzuklären, welche häufig auch für biotechnologische Anwendungen von hoher Relevanz sind (z.B. Adaptation an sich ändernde Nährstoff- und Sauerstoff-konzentrationen).

Gene und Proteine in regulatorischen Netzwerken sind zumeist bekannt; ihre Interaktionen und gegenseitigen Abhängigkeiten dagegen oftmals nicht oder nur unzureichend. Wir entwickeln Methoden, die Interaktionsnetzwerke aus experimentellen Daten rekonstruieren.

Datenbasierte Rekonstruktion von zellulären Netzwerken

Gene und Proteine in regulatorischen Netzwerken sind zumeist bekannt; ihre Interaktionen und gegenseitigen Abhängigkeiten dagegen oftmals nicht oder nur unzureichend. Wir entwickeln Methoden, die Interaktionsnetzwerke aus experimentellen Daten rekonstruieren.


Wir entwickeln CellNetAnalyzer, eine umfassende MATLAB Toolbox zur mathematischen Analyse und Modellierung von biologischen Netzwerken. Als Bestandteil von de.NBI bieten wir hierbei auch erweiterte Nutzerservices wie Tutorials und Workshops an.

Software: CellNetAnalyzer

Wir entwickeln CellNetAnalyzer, eine umfassende MATLAB Toolbox zur mathematischen Analyse und Modellierung von biologischen Netzwerken. Als Bestandteil von de.NBI bieten wir hierbei auch erweiterte Nutzerservices wie Tutorials und Workshops an.



 
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