Theoretische Methoden zur Modellierung und zum Design metabolischer Netzwerke

Wir entwickeln verschiedene mathematische Ansätze zur Analyse zellulärer Netzwerke. Ein Schwerpunkt sind theoretische und algorithmische Methoden für die Modellierung und zielgerichtete Modifikation von Stoffwechselnetzen.


Anwendungen des computergestützten Metabolic Engineering
Wir kombinieren gentechnische und computergestützte Methoden um neue Strategien für das Metabolic Engineering von mikrobiellen Zellfabriken zur biobasierten Synthese von Chemikalien zu etablieren. Der Fokus liegt dabei auf E. coli und anderen Modellorganismen wie die Bäckerhefe.


Experimentelle Systembiologie <br />(Team Bettenbrock)
Wir nutzen systembiologische Methoden und vielfältige experimentelle und analytische Techniken um metabolische und regulatorische Prozesse in E. coli aufzuklären, welche häufig auch für biotechnologische Anwendungen von hoher Relevanz sind (z.B. Adaptation an sich ändernde Nährstoff- und Sauerstoff-konzentrationen).

Datenbasierte Rekonstruktion von zellulären Netzwerken
Gene und Proteine in regulatorischen Netzwerken sind zumeist bekannt; ihre Interaktionen und gegenseitigen Abhängigkeiten dagegen oftmals nicht oder nur unzureichend. Wir entwickeln Methoden, die Interaktionsnetzwerke aus experimentellen Daten rekonstruieren.


<strong>Software: <em>CellNetAnalyzer</em></strong>
Wir entwickeln CellNetAnalyzer, eine umfassende MATLAB Toolbox zur mathematischen Analyse und Modellierung von biologischen Netzwerken. Als Bestandteil von de.NBI bieten wir hierbei auch erweiterte Nutzerservices wie Tutorials und Workshops an.



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