Fachgruppenleiter

Dr.-Ing. Steffen Klamt
Dr.-Ing. Steffen Klamt
Telefon: +49 391 6110 480
Fax: +49 391 6110 509
Raum: S2.10

Sekretärin

Susanne Hintsch
Telefon:+49 391 6110-477Fax:+49 391 6110-452

Neuigkeiten / Letzte Publikationen

28.08.2018: Neue Publikation
Kyselova L, Kreitmayer D, Kremling A & Bettenbrock K (2018) Type and capacity of glucose transport influences succinate yield in two-stage cultivations. Microbial Cell Factories, 17: 132.

10.08.2018: Neue Publikation
Mahour R, Klapproth J, Rexer TFT, Schildbach A, Klamt S, Pietzsch M, Rapp E, Reichl U (2018) Establishment of a five-enzyme cell-free cascade for the synthesis of uridine diphosphate N-acetylglucosamine. J Biotechnol. 283:120-129.

04.07.2018: Regina hat ihre Dissertation erfolgreich verteidigt.
Herzlichen Glückwunsch!

01.06.2018: Neue Publikation
Bosch J, Klamt S, Stoll M (2018) Generalizing Diffuse Interface Methods on Graphs: Nonsmooth Potentials and Hypergraphs. SIAM J. Appl. Math. 78(3): 1350–1377.

28.04.2018: Neue Publikation
Nitzschke A, Bettenbrock K (2018) All three quinone species play distinct roles in ensuring optimal growth under aerobic and fermentative conditions in E. coli K12. PLoS ONE 13(4): e0194699.

Forschung

Wir entwickeln und nutzen verschiedene Formalismen und Methoden zur Modellierung zellulärer Netzwerke des Stoffwechsels und der Signaltransduktion und wollen damit insbesondere Zusammenhänge zwischen Struktur und Funktion dieser Netzwerke verstehen.

Modellierung und Analyse biologischer Netzwerke

Wir entwickeln und nutzen verschiedene Formalismen und Methoden zur Modellierung zellulärer Netzwerke des Stoffwechsels und der Signaltransduktion und wollen damit insbesondere Zusammenhänge zwischen Struktur und Funktion dieser Netzwerke verstehen.


Wir entwickeln neue Algorithmen für das Metabolic Engineering, d.h. für die gezielte Optimierung mikrobieller Stoffwechselnetze für die biogene Synthese bestimmter Produkte. Außerdem interessieren wir uns für Methoden der Targetidentifikation in Signaltransduktionsnetzen.

Metabolic Engineering und zielgerichtete Beeeinflussung biologischer Netzwerke

Wir entwickeln neue Algorithmen für das Metabolic Engineering, d.h. für die gezielte Optimierung mikrobieller Stoffwechselnetze für die biogene Synthese bestimmter Produkte. Außerdem interessieren wir uns für Methoden der Targetidentifikation in Signaltransduktionsnetzen.


Gene und Proteine in regulatorischen Netzwerken sind zumeist bekannt; ihre Interaktionen und gegenseitigen Abhängigkeiten dagegen oftmals nicht oder nur unzureichend. Wir entwickeln Methoden, die Interaktionsnetzwerke aus experimentellen Daten rekonstruieren.

Datenbasierte Rekonstruktion von zellulären Netzwerken

Gene und Proteine in regulatorischen Netzwerken sind zumeist bekannt; ihre Interaktionen und gegenseitigen Abhängigkeiten dagegen oftmals nicht oder nur unzureichend. Wir entwickeln Methoden, die Interaktionsnetzwerke aus experimentellen Daten rekonstruieren.


Mit CellNetAnalyzer (MATLAB Toolbox zur biologischen Netzwerkanalyse) und ProMoT (Werkzeug für modulares Modellieren und Visualisierung von zellulären Netzwerken) entwickeln wir für die Systembiologie zugeschnitten wissenschaftliche Software.

Entwicklung von Software: CellNetAnalyzer und ProMot

Mit CellNetAnalyzer (MATLAB Toolbox zur biologischen Netzwerkanalyse) und ProMoT (Werkzeug für modulares Modellieren und Visualisierung von zellulären Netzwerken) entwickeln wir für die Systembiologie zugeschnitten wissenschaftliche Software.



Wir führen Experimente mit Escherichia coli unter kontrollierten Bedingungen im Fermenter durch. In Kombination mit Modellierung wollen wir insbesondere verstehen, wie die Bakterien ihren Stoffwechsel bei Umweltveränderungen (Substrate, Sauerstoff) anpassen. Ausserdem testen wir modell-getriebene Strategien für das Metabolic Engineering.

Experimentelle Systembiologie
(Team Bettenbrock)

Wir führen Experimente mit Escherichia coli unter kontrollierten Bedingungen im Fermenter durch. In Kombination mit Modellierung wollen wir insbesondere verstehen, wie die Bakterien ihren Stoffwechsel bei Umweltveränderungen (Substrate, Sauerstoff) anpassen. Ausserdem testen wir modell-getriebene Strategien für das Metabolic Engineering.
 
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