Fachgruppenleiter

Dr.-Ing. Steffen Klamt
Dr.-Ing. Steffen Klamt
Telefon: +49 391 6110 480
Fax: +49 391 6110 509

Sekretärin

Anke Goettert
Telefon: +49 391 6110 477
Fax: +49 391 6110 452

Neuigkeiten / Letzte Publikationen

05.10.2017: Neue Publikation         
von Kamp A, Thiele S, Hädicke O, Klamt S (2017) Use of CellNetAnalyzer in biotechnology and metabolic engineering. Journal of Biotechnology 261: 221-228.

22.08.2017: Neuigkeiten 
Pressemitteilung zu einem jüngst veröffentlichen Paper aus unserer Gruppe.

04.07.2017: Neue Publikation         
von Kamp A, Klamt S. (2017) Growth-Coupled overproduction is feasible for almost all metabolites in five major production organisms. Nature Communications 8: 15956.

11.05.2017: Neue Publikation         
Zander D, Samaga D, Straube R, Bettenbrock K. (2017) Bistability and Nonmonotonic Induction of the lac Operon in the Natural Lactose Uptake System. Biophysical Journal 112: 1984-1996.

09.05.2017: New Publication         
Klamt S, Regensburger G, Gerstl MP, Jungreuthmayer C, Schuster S, Mahadevan R, Zanghellini J, Müller S. (2017) From elementary flux modes to emelentary flux vectors:Metabolic pathway analysis with arbitrary linear flux constraints. PLoS Comput Biol 13: e1005409.

 

Forschung

Wir entwickeln und nutzen verschiedene Formalismen und Methoden zur Modellierung zellulärer Netzwerke des Stoffwechsels und der Signaltransduktion und wollen damit insbesondere Zusammenhänge zwischen Struktur und Funktion dieser Netzwerke verstehen.

Modellierung und Analyse biologischer Netzwerke

Wir entwickeln und nutzen verschiedene Formalismen und Methoden zur Modellierung zellulärer Netzwerke des Stoffwechsels und der Signaltransduktion und wollen damit insbesondere Zusammenhänge zwischen Struktur und Funktion dieser Netzwerke verstehen.


Wir entwickeln neue Algorithmen für das Metabolic Engineering, d.h. für die gezielte Optimierung mikrobieller Stoffwechselnetze für die biogene Synthese bestimmter Produkte. Außerdem interessieren wir uns für Methoden der Targetidentifikation in Signaltransduktionsnetzen.

Metabolic Engineering und zielgerichtete Beeeinflussung biologischer Netzwerke

Wir entwickeln neue Algorithmen für das Metabolic Engineering, d.h. für die gezielte Optimierung mikrobieller Stoffwechselnetze für die biogene Synthese bestimmter Produkte. Außerdem interessieren wir uns für Methoden der Targetidentifikation in Signaltransduktionsnetzen.


Gene und Proteine in regulatorischen Netzwerken sind zumeist bekannt; ihre Interaktionen und gegenseitigen Abhängigkeiten dagegen oftmals nicht oder nur unzureichend. Wir entwickeln Methoden, die Interaktionsnetzwerke aus experimentellen Daten rekonstruieren.

Datenbasierte Rekonstruktion von zellulären Netzwerken

Gene und Proteine in regulatorischen Netzwerken sind zumeist bekannt; ihre Interaktionen und gegenseitigen Abhängigkeiten dagegen oftmals nicht oder nur unzureichend. Wir entwickeln Methoden, die Interaktionsnetzwerke aus experimentellen Daten rekonstruieren.


Mit CellNetAnalyzer (MATLAB Toolbox zur biologischen Netzwerkanalyse) und ProMoT (Werkzeug für modulares Modellieren und Visualisierung von zellulären Netzwerken) entwickeln wir für die Systembiologie zugeschnitten wissenschaftliche Software.

Entwicklung von Software: CellNetAnalyzer und ProMot

Mit CellNetAnalyzer (MATLAB Toolbox zur biologischen Netzwerkanalyse) und ProMoT (Werkzeug für modulares Modellieren und Visualisierung von zellulären Netzwerken) entwickeln wir für die Systembiologie zugeschnitten wissenschaftliche Software.



Wir führen Experimente mit Escherichia coli unter kontrollierten Bedingungen im Fermenter durch. In Kombination mit Modellierung wollen wir insbesondere verstehen, wie die Bakterien ihren Stoffwechsel bei Umweltveränderungen (Substrate, Sauerstoff) anpassen. Ausserdem testen wir modell-getriebene Strategien für das Metabolic Engineering.

Experimentelle Systembiologie
(Team Bettenbrock)

Wir führen Experimente mit Escherichia coli unter kontrollierten Bedingungen im Fermenter durch. In Kombination mit Modellierung wollen wir insbesondere verstehen, wie die Bakterien ihren Stoffwechsel bei Umweltveränderungen (Substrate, Sauerstoff) anpassen. Ausserdem testen wir modell-getriebene Strategien für das Metabolic Engineering.
 
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